Pembentukan MAN Insan Cendekia berawal atas kebutuhan sumber daya manusia yang memiliki kualifikasi tinggi akan ilmu pengetahuan maupun teknologi dan sejalan dengan keimanan maupun ketakwaan. Prof. Dr. Ing. B. J. Habibie menginisiasi lewat BPPT (Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi) membentuk STEP (Science and Technology Equity Program).Tujuan STEP adalah penyetaraan program ilmu pengetahuan dan teknologi untuk sekolah di lingkungan pesantren.
Pada tahun 1996, STEP melekatkan nama SMU Insan Cendekia sebagai nama lembaga pendidikan. STEP memilih lokasi di Serpong (Banten) dan Gorontalo. Rancangan model pendidikan STEP mengambil filosofi magnet school. Lembaga pendidikan ini mampu menarik sekolah sekitarnya untuk terpicu dalam prestasi dan menyiapkan calon pemimpin masa depan bangsa. Pada tahun 2000, BPPT melimpahkan manajerial SMU Insan Cendekia ke Departemen Agama RI. Alih tata kelola ini mengubah nama SMU menjadi MAN (Madrasah Aliyah Negeri) Insan Cendekia. Meskipun demikian, ciri dan karakter pendidikan STEP tetap melekat dan tidak berubah. Pada tahun 2007, MAN Insan Cendekia Gorontalo memperoleh predikat madrasah aliyah program khusus standar internasional. Konsekuensinya, Kementerian Agama memberikan pembinaan dan pendampingan langsung sebagai bentuk dukungan. Tata kelola pembinaan dan pendampingan dilaksanakan oleh Direktorat Pendidikan Islam, Kementerian Agama Republik Indonesia.
Slogan Madrasah
- Kampus Religius
- Kampus Prestasi
- Kampus Pengembangan diri
Visi dan Misi Madrasah
Visi
Visi MAN Insan Cendekia adalah Terwujudnya sumber daya manusia yang berkualitas tinggi dalam IMTAK (keimanan dan ketakwaan), menguasai IPTEK (ilmu pengetahuan dan teknologi), serta mampu mengaktualisasikannya dalam kehidupan bermasyarakat
Misi
- Menyiapkan calon pemimpin masa depan yang menguasai ilmu pengetahuan dan teknologi, mempunyai daya juang tinggi, kreatif, inovatif, proaktif, dan mempunyai landasan iman dan takwa yang kuat.
- Menumbuhkembangkan minat, bakat, dan potensi peserta didik untuk meraih prestasi pada tingkat nasional sampai internasional.
- Meningkatkan pengetahuan dan kemampuan profesional pendidik dan tenagta kependidikan sesuai perkembangan dunia pendidikan.
- Menjadikan MAN Insan Cendekia sebagai lembaga pendidikan yang mempunyai tata kelola yang baik dan mandiri.
- Menjadikan MAN Insan Cendekia sebagai sekolah/madrasah model dalam pengembangan pembelajaran IPTEK dan IMTAK bagi lembaga pendidikan lainnya